普爱学园在创办人姜联招居士秉持着“自爱爱人”的精神下，于1983年7月开始筹办，当时称自爱学园，地点位于槟城州八条路网寮99号。姜联招居士及其家人花了三个月的时间，积极投入建设工作，从搬运木材、打桩、铺地板、盖屋顶到园所油漆等，皆一手包办。一所面积不足400平方尺，供青少年儿童活动的场所——自爱学园终于在同年10月正式诞生，并在开放后的第二个月，邀请慈善家拿督刘惠城夫妇前来主持开幕仪式。
在当时公共设施缺乏的社区，自爱学园成为了孩子们的欢乐天地。由于成立宗旨明确，而且又属于免费性质，因此深受当地儿童的欢迎。正式开放后的短短的一个星期内，竟收到了200余名儿童的入园申请。
自爱学园成立后，在园长姜联招夫妇的带领下积极推动各项活动，如鼓励园友博览该园的藏书，在园所弈棋、唱佛曲及参加各类的学艺比赛及康乐活动等。随着时日增长，自爱学园不断地增加各类型活动，以填满孩子的闲暇时间。
自爱学园更于1987年1月成立爱心服务队。此爱心队由三十余名品学兼优的青少年园友所组成，以服务福利机构之孤寡残障人士为己任。多年来，爱心服务队足迹遍及全槟威乃至吉玻霹雳各老人院、孤儿院及残障机构，从中体味及实践慈悲的真实义。自此，爱心服务队成为自爱学园筹办活动的主力。
自爱学园于1990年易名为“普爱学园”，期望引领日益长大的园友在学习自爱之余，更能将爱心普及大众，以突显佛教的慈悲利他精神。
2000年7月22日傍晚，网寮社区不幸发生空前大火灾，80多巴仙房屋被烧毁。虽然普爱学园蒙龙天护佑，仅受部分波及，但却因区内不少房屋被烧毁而造成学员大量流失，因而被迫另寻一片土地重建。所幸在普爱学园会务顾问兼前槟州首席部长丹斯里许子根博士的鼎力协助下，于2001年与槟州发展机构签约，购置于槟城五条路一块万余方尺的地段作为新会所基地。购地行动获得极乐寺前方丈同时也是普爱学园宗教顾问的日恒长老支持，并且得以顺利完成，进而在2002年成立建委会，将此硬体建设规划为五层楼的“普爱四恩楼暨药师如来殿”，以期有更充裕的空间为儿童与青少年策划各类教育活动，继续惠益佛教新血轮。
2013年正值普爱学园三十而立之年，同时欣逢“普爱四恩楼暨药师如来殿”建竣之时.为了感谢一路走来十方佛友的护持，特籍此庆典规划了十二项以“四恩”为主题的活动加以热庆。
2019年，经理事会讨论，一致决定增设施医赠药组以及青少年组两个新的小组。其中普爱施医赠药所在园长姜联招居士带领下，于2020年正式推动义诊，每周两次，定期提供中医诊疗、针灸和推拿等服务。青少年组的成立也有助于为普爱学园培养接班人。该小组承担的重任包括青少年的领袖培训，以及在普爱学园筹办活动时贡献人力资源。尤其是在每年的儿童生活营的筹备上，青少年组的角色更显得重要。
普爱学园将持续肩负起散播菩提种子的重任，让大家在“自爱爱人”的环境下茁壮成长，继续发挥普爱精神。
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普爱学园园徽的三大象征意义
光芒Light-Rays
以佛陀成道的蓝黄红白橙五色光芒象征佛教
经册Sutras
象征普爱学园依法引导信徒深入经藏，智慧如海
蜡烛Candle
象征光明普照，也表达学习菩萨燃烧自己，照亮别人的普爱精神
三大象征包含了普爱学园对三宝尊崇及学习之心永不泯灭
相册
普爱学园外观